Bacillus subtilis strain HXP-5 16S ribosomal RNA gene,
partial sequence
Sequence ID: KX421348.1Length: 1452Number of Matches: 1
Alignment
statistics for match #1
|
||||
Score
|
Expect
|
Identities
|
Gaps
|
Strand
|
1672 bits(905)
|
0.0
|
910/912(99%)
|
2/912(0%)
|
Plus/Plus
|
Query 9
GGGCGTGCTATAC-TGCAAGTCGAGCGGACAGATGGGAGCTTGCTCCCTGATGTTAGCGG 67
||||||||||||| |||
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 8
GGGCGTGCTATACATGC-AGTCGAGCGGACAGATGGGAGCTTGCTCCCTGATGTTAGCGG 66
Query 68
CGGACGGGTGAGTAACACGTGGGTAACCTGCCTGTAAGACTGGGATAACTCCGGGAAACC 127
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 67
CGGACGGGTGAGTAACACGTGGGTAACCTGCCTGTAAGACTGGGATAACTCCGGGAAACC 126
Query 128
GGGGCTAATACCGGATGGTTGTCTGAACCGCATGGTTCAGACATAAAAGGTGGCTTCGGC 187
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 127
GGGGCTAATACCGGATGGTTGTCTGAACCGCATGGTTCAGACATAAAAGGTGGCTTCGGC 186
Query 188
TACCACTTACAGATGGACCCGCGGCGCATTAGCTAGTTGGTGAGGTAACGGCTCACCAAG 247
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 187
TACCACTTACAGATGGACCCGCGGCGCATTAGCTAGTTGGTGAGGTAACGGCTCACCAAG 246
Query 248
GCGACGATGCGTAGCCGACCTGAGAGGGTGATCGGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCC 307
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 247
GCGACGATGCGTAGCCGACCTGAGAGGGTGATCGGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCC 306
Query 308
AGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATCTTCCGCAATGGACGAAAGTCTGACGGAGC 367
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 307
AGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATCTTCCGCAATGGACGAAAGTCTGACGGAGC 366
Query 368
AACGCCGCGTGAGTGATGAAGGTTTTCGGATCGTAAAGCTCTGTTGTTAGGGAAGAACAA 427
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 367
AACGCCGCGTGAGTGATGAAGGTTTTCGGATCGTAAAGCTCTGTTGTTAGGGAAGAACAA 426
Query 428
GTGCCGTTCAAATAGGGCGGCACCTTGACGGTACCTAACCAGAAAGCCACGGCTAACTAC 487
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 427
GTGCCGTTCAAATAGGGCGGCACCTTGACGGTACCTAACCAGAAAGCCACGGCTAACTAC 486
Query 488
GTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCAAGCGTTGTCCGGAATTATTGGGCGTAAA 547
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 487
GTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCAAGCGTTGTCCGGAATTATTGGGCGTAAA 546
Query 548
GGGCTCGCAGGCGGTTTCTTAAGTCTGATGTGAAAGCCCCCGGCTCAACCGGGGAGGGTC 607
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 547
GGGCTCGCAGGCGGTTTCTTAAGTCTGATGTGAAAGCCCCCGGCTCAACCGGGGAGGGTC 606
Query 608
ATTGGAAACTGGGGAACTTGAGTGCAGAAGAGGAGAGTGGAATTCCACGTGTAGCGGTGA 667
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 607
ATTGGAAACTGGGGAACTTGAGTGCAGAAGAGGAGAGTGGAATTCCACGTGTAGCGGTGA 666
Query 668
AATGCGTAGAGATGTGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGACTCTCTGGTCTGTAACTGAC 727
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 667
AATGCGTAGAGATGTGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGACTCTCTGGTCTGTAACTGAC 726
Query 728
GCTGAGGAGCGAAAGCGTGGGGAGCGAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTA 787
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 727
GCTGAGGAGCGAAAGCGTGGGGAGCGAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTA 786
Query 788
AACGATGAGTGCTAAGTGTTAGGGGGTTTCCGCCCCTTAGTGCTGCAGCTAACGCATTAA 847
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 787
AACGATGAGTGCTAAGTGTTAGGGGGTTTCCGCCCCTTAGTGCTGCAGCTAACGCATTAA 846
Query 848
GCACTCCGCCTGGGGAGTACGGTCGCAAGACTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCG 907
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 847
GCACTCCGCCTGGGGAGTACGGTCGCAAGACTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCG 906
Query 908
CACAAGCGGTGG 919
||||||||||||
Sbjct 907
CACAAGCGGTGG 918
Kelompok Bacillus subtilis terdiri dari delapan spesies yang terkait
erat yang tidak dapat dibedakan satu sama lain dengan analisis urutan gen 16S
rRNA. Oleh karena itu, gen gyrB, yang mengkodekan protein subunit B dari DNA
gyrase, dipilih sebagai penanda filogenetik alternatif. Untuk menentukan apakah
analisis urutan gen gyrB dapat digunakan untuk analisis filogenetik dan
identifikasi spesies anggota kelompok B. subtilis, kesesuaian kelompok gyrB
dengan sekuens gen 16S rRNA dan data hibridisasi DNA-DNA dievaluasi. Rentang
gyrB nukleotida dan urutan urutan asam amino yang diterjemahkan di antara
delapan tipe tipe masing-masing adalah 75,4-95,0% dan 88,5-99,2%, sedangkan
sekuens gen 16S rRNA adalah 98,1-99,8%. Hasil penelitian menunjukkan bahwa
urutan gen gyrB memberikan resolusi yang lebih tinggi daripada sekuens gen 16S
rRNA. Klasifikasi yang dicapai dengan analisis urutan gyrB sesuai dengan hasil
yang diperoleh dengan hibridisasi DNA-DNA. Disimpulkan bahwa gen gyrB mungkin
merupakan sasaran alternatif yang efisien untuk identifikasi dan analisis
taksonomi anggota kelompok B. subtilis.(1)
Spesies Bacillus merupakan kelompok bakteri yang tersebar luas di tanah.
Dengan identifikasi metode biokimia konvensional yang terperinci, pola plasmid
dan sekuens rRNA 16S parsial. Semua isolat adalah Gram-positif, aerobik, dan
motil, berbentuk oksidase-positif, berbentuk batang, bakteri pembentuk
endospora. Isolat ini secara fenotipik diidentifikasi sebagai Bacillus.
Polisakarida kasar dipisahkan dari supernatan dan diperiksa untuk kandungan
sulfat. Semua strain Bacillus dicirikan oleh profil protein sel utuh
menggunakan elektroforesis gel natrium dodesil sulfat-poliakrilamida (SDS-PAGE)
dan analisis dendrogram menggunakan metode kelompok pasangan tertimbang PBB
dengan algoritma rata-rata aritmatika (UPGMA). (2)
Salah satu mikroorganisme antagonis yang menunjukkan hasil yang baik
dalam pengendalian patogen penyebab penyakit adalah bakteri antagonis Bacillus
subtilis yan keaktifannya dalam mengendalikan penyakit-penyakit pada berbagai
komoditas telah banyak menunjukkan hasil yang baik. (3)
Analisis
gen 16S rRNA penting untuk mengetahui klasifikasi filogenetik dari genera dan
spesies bakteri yang baru di ketahui serta untuk mendeteksi bakteri yang tidak
dapat dibudidayakan. Amplifikasi PCR gen 16S rRNA dengan primer universal menghasilkan
campuran ampli- kontra dari semua operon RNA dalam genom, dan data urutan
umumnya menghasilkan rangkaian konsensus. (4)
Bacillus
subtilis menunjukkan sedikit perbedaan karakteristik biokimia, urutan gen 16S
rRNA, dan pola produksi selulase dan xilanase. Bacillus subtilis memiliki
aktivitas hidrolitik mikrokristalin selain aktivitas β-glukosidase,
hemiselulase, dan endoglucanase. Strain ini saat ini digunakan di bidang
pertanian sebagai suplemen pupuk. Bacillus subtilis terutama cukup efektif
sebagai bahan persemaian organik. (5)
REFERENCE
1. Wang LT, Lee
FL, Tai CJ, Kasai H. Comparison of gyrB gene sequences, 16S rRNA gene sequences
and DNA-DNA hybridization in the Bacillus subtilis group. Int J Syst Evol
Microbiol. 2007;57(8):1846–50.
2. Kh AS.
Research Journal of Pharmaceutical , Biological and Chemical Sciences 16S rRNA
Characterization of a Bacillus Isolates From Egyptian Soil and its Plasmid
Profile . 5(1590).
3. Muis A,
Djaenuddin N, Nonci N. Evaluasi Lima Jenis Inner Carrier Dan Formulasi Bacillus
Subtilis Untuk Pengendalian Hawar Pelepah Jagung ( Rhizoctonia Solani Kuhn ).
JHPT Trop. 2015;15(2):164–9.
4. Hakovirta JR,
Prezioso S, Hodge D, Pillai SP, Weigel LM. Identification and analysis of
informative single nucleotide polymorphisms in 16S rRNA gene sequences of the
bacillus cereus group. J Clin Microbiol. 2016;54(11):2749–56.
Tidak ada komentar:
Posting Komentar